세무조사중 매입부가세를 발견하였다면 공제 가능할까?

김재훈 세무 컨설팅

부가세 신고는 되지 않았지만 세무조사중에 매입부가세를 발견하였다면 공제가 가능한지에 대해서는 일자리창출법(옴니버스법) 시행 이후에는 세무조사관이 SPHP(세무조사 결과 통지서)를 제출 전까지는 매입부가세 공제가 가능하다.고 규정하고 있다.
시행령 PMK 18/2021 의 첨부 사례에 잘 예시되어 있다.

사례 1)
PT. L 은 자동차 제조 산업에 종사하는 납세자이다. PT. L은 2016년부터 부가세 과세등록(PKP)을 하였다. 2020년 8월 PQR 세무서에서 2018년 1월부터 2018년 12월까지 부가세 세무조사를 진행하였다. 세무조사 기간중 PT L은 2018년 2월 부가세 신고시 매입부가세가 신고되지 않은 것을 확인하였다. 세무조사관이 SPHP 를 2020년 10월 20일 PT. L에 제출하였다.

⊙ 2020년 일자리창출법은 2020년 11월 2일 에 시행되었으므로 시행이전에 SPHP 가 발급되었기 때문에 PT. L 의 매입부가세는 공제할 수 없다.

사례 2)
PT. M 은 사무기기 거래를 하는 납세자이다. PT. M 은 2017년부터 PKP 로 등록하였다. PT. M 은 2021년 10월 TUV 세무서로부터 2019년 1월부터 2019년 12월까지 부가세 세무조사를 받았다.
세무조사 과정에서 2019년 7월 매입부가세가 누락된 것을 확인하였다.
세무조사관은 과세분야의 법률 조항에 따라 누락된 매입부가세를 고려하였다..

⊙ 2020년 11월 2일 시행 이후에 SPHP를 제출한다면 당연히 누락된 매입부가세는 공제하여야 한다.
일자리창출법 이전에는 세무조사시 매입부가세는 인정되지 않았지만, 개정 이후 세무조사중이라도 SPHP 를 전달 받기 이전에는 누락된 매입세액 공제가 가능하다고 하겠다. <끝>