인도네시아에서 테러리스트 단체는 1970년부터 시작되었다.
1970년 중반 테러리스트 코만도지하드(Komando Jihad)가 있었다. 코만도지하드가 해체되고 2000년에 아부바카르 바아시르 (Abubakar Baasyir)가 이끄는 제마아 이슬라미아 단체가 활동을 시작했다. 제마아 이슬라미아 단체는 알 케이다 단체와 같이 인도네시아에서 테러활동을 하고 있다.
제마아 이슬라미아에 가장 알려진 테러리스트는 이맘 사무르라 (Imam Samudra), 암로지 (Amrozi), 무흘라스 (Muchlas), 말레이시아 출신 아스하리 (Azhari), 누르딘 엠 톱 (Nurdin M Top)등이다. 이맘 사무르라, 암로지, 무흘라스는 2002년 10월 12일에 발리 테러 주범으로 되어 체포되었고 2008년 11월 8일에 사형집행을 당했다.
말레이시아 출신 아스하리와 누르딘 엠 톱 등 테러리스트 주범자들이 대 테러 전단반 ‘Densus 88’의 사살 당했다. 하지만 아부바카르 바아시르 제마아 이슬라미아 의장은 수감중이다.
현재 인도네시아에서 활동 중인 테러리스트는 슬라웨시 중부지역에 산또소가 이끄는 뽀소(poso)단체다. 이 단체는 ‘인도네시아 이슬람국가(NII)’에서 나와 인도네시아를 이슬람국가로 만들려는 강경 극단주의 이슬람단체로 IS 추종자들이다.
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