인도네시아에서 첫 테러리스트 공격은 1981년 3월 28일 발생했다. 당시 테러를 한 코만도지하드 (Komando Jihat) 테러리스트 5명은 메단 – 빨렘방 행 DC -9 가루다 항공기를 납치해 방콕으로 운항하게 했다. 정부는 승객 구출작전에서 조종사와 군인 한 명이 사망했고 테러리스트 3명이 사망했다.
1985년 1월 21일에 보로부두르 불교사원이 테러 공격을 당했다. 인명피해가 없었지만 일부 보로부두르 사원이 파괴되었다.
2000년에 들어 제마아 이슬라미아 단체가 알 케이다와 협력해 폭탄 테러 공격을 가했다. 이들 테러로 생명피해와 재산피해가 많이 발생했다.
2000년 테러 공격은 4번 발생했다. 8월 1일 주인도네시아 필리핀 대사 주택이 폭탄 폭발로 2명이 사망했고 21명이 부상을 입었다. 8월 27일 주 인도네시아 말레이시아 대사관이 폭탄으로 공격을 당했으나 생명피해가 없었다. 9월 13일에 증권거래소 (Bursa Efek)가 폭탄으로 공격을 당해 10명이 사망하고 90명이 부상을 당했다. 12월 24일 밤 자카르타 소재 교회들이 폭탄 공격으로 16명이 사망했고 96명이 부상을 당했다.
2001년에는 테러가 4번 발생했다. 7월 22일 동부 자카르타 HKBP교회와 Santa Ana교회가 폭탄공격으로 5명이 사망했다. 9월 23일에 중부 자카르타 Atrrium Senen 쇼핑센터 폭탄폭발로 인해 6명이 부상을 당했다. 10월 12일에 남부 술라웨시주 마카사르 KFC 레스토랑이 폭탄, 11월 6일에 남부 자카르타 Pejaten구역에 있는 호주 국제학교 수류탄 공격을 당했으나 인명피해가 없었다.
2002년에도 3번 테러가 발생했다. 1월 1일에 자카르타 남부 불룽안 레스토랑과 중부 술라웨시주 빨루에 교회가 수류탄으로 공격을 당했으나 인명피해가 없었다. 하지만 10월 12일 발리에서 테러 공격으로 202명이 사망, 300여명이 부상을 당했다. 당시 북부 술라웨시주 마나도 필리핀 영사관도 폭탄 공격을 당했다. 12월 5일 남부 술라웨시주 마카사르 McDonald 레스토랑도 폭탄으로 공격을 당해 3명이 사망했고 11명이 부상을 당했다.
2003년에는 3번 발생했다. 2월 3일에 자카르타 경찰본부 Wisma Bhayangkari 건물이 수제폭탄 공격을 당했다. 4월 27일 수카르노-하따 공항 F 터미날이 폭탄으로 공격으로 2명이 중상을 당했고 8명이 경상을 입었다. 하지만 8월 5일에는 자카르타 JW Marriott호텔 폭탄으로 11명이 사망했고 152명이 부상을 당했다.
2004년에는 3번 발생했다. 1월 10일에 중부 술라웨시주 빨롭뽀에서 폭탄 폭발로 인해 4명이 사망했다. 9월 9일에 주 인도네시아 호주 대사관이 폭탄으로 공격을 당해 5명이 사망했고 10여명이 부상을 당했다. 당시 폭탄폭발이 커서 호주 대사관 옆에 있는 Menara Plaza 89 건물, Menara Grasia 건물, BNI 건물이 일부분이 파괴되었다. 12월 12일 중부 술라웨시주 빨루 Immanuel 교회가 폭탄 공격을 당했지만 인명피해가 없었다.
2005년에 테러리스트공격이 5번 발생했다. 3월 21일 암본 2곳에서 공격을 받았고, 5월 28일에 중부 술라웨시주 뽀소 뗀떼나 지역에서도 폭탄이 폭발해 22명이 사망했다. 6월 8일에 땅거랑 빠물루랑 지역에서도 폭탄이 텨졌으나 인명피해가 없었다. 10월 1일 발리 꾸따지역에서 공격이 발생해 폭탄폭발로 인해 22명이 사망했고 102명이 부상을 당했다. 12월 31일에 중부술라웨시주 빨루 시장에서 폭탄이 텨져 8명이 사망했고 45명이 부상을 당했다.
2009년 7월 17일, 자카르타 JW Marriot 호텔과 Ritz Carlton호텔에서 폭탄 폭발로 인해 9명이 사망했고 50명이 부상을 당했다.
2010년에 테러가 없지만 테러리스트들이 1월 아째에서 테러활동 비용을 마련하기 위해 메단 CIMB 은행을 강탈했다.
2011년 4월 15일 금요일 제마아이슬라미아 추종자들은 찌레본 경찰본부가 있는 회교사원에서 예배 중에 온건한 이슬람 신자들을 자살폭탄으로 공격해 25명이 부상을 당했다. 2011년 4월 22일에도 땅거랑 세르뽕 지역에 있는 천주교 교회에 폭탄을 놓았지만 신자들이 발견해 폭발을 방지했다. 2011년 9월 29일 중부 자와주 솔로 GBIS 교회에서 자살 폭탄으로 28명이 부상을 당했다. 2012년 솔로의 Gladak 지역에서 경비소가 테러리스트가 던진 수류탄을 맞아서 폭발했다.
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